ерковь равноапостольного Владимира строилась на вклад вдовы князя Владимира Ивановича Воротынского как усыпальница князей Воротынских. Старший из братьев Воротынских, Михаил Иванович, был самым знатным и выдающимся из русских военачальников своего времени – главным вождем при взятии Казани, победителем крымского хана Девлет-Гирея. Рядом похоронены его сыновья Логин Михайлович (1584) и Иван Михайлович (1627). Иван Михайлович Воротынский был одним из кандидатов на Российский престол. Он возглавил депутацию в Кострому к избранному царю Михаилу Федоровичу Романову с предложением принять царский венец и был первым воеводой в Москве в отсутствии царя. Александр Иванович Воротынский был первым воеводой в Казани (1558); в 1560 г. пожалован в бояре. Иван Алексеевич являлся двоюродным братом (по матери) царя Алексея Михайловича и сопутствовал ему во всех его походах. Во время археологических раскопок летом 2010 года все останки из усыпальницы были изъяты и отправлены на анализ ДНК и антропологические исследования.

Фактически в результате изъятия останков Владимирская церковь потеряла свое историческое назначение как усыпальницы древнего и славного рода князей Воротынских, послужившего славе Отечества.